執業藥師資格實行注冊制度。國家藥品監督管理局為全國執業藥師資格注冊管理機構，各省、自治區、直轄市藥品監督管理局為注冊機構、人事部及各省、自治區、直轄市人事(職改)部門對執業藥師注冊工作有監督、檢查的責任。執業藥師注冊有效期為三年，有效期滿前三個月，持證者須到注冊機構辦理再次注冊手續。